Durante los primeros años de vuelta en el Atlético el equipo terminó las temporadas en mitad de la tabla hasta la temporada 2006-07 en que consiguió clasificarse para disputar la Copa Intertoto. En el verano de 2007 el Atlético Madrid ganó la final de dicha competición consiguiendo la clasificación para la Copa de la UEFA. El 16 de julio de 2009 fue designado primer capitán del Atlético de Madrid. El 28 de abril de 2013 Anahí, junto a Manuel Velasco, entregaron regalos a niños en el Parque Bicentenario con motivo de festejo por el Día del Niño, la entrega continuó en las comunidades rurales chiapanecas.