En julio de 2017, el club navarro anunció que rompía toda relación o diplomacia con el club bilbaíno tras el pago de la cláusula de rescisión del contrato del futbolista juvenil Jesús Areso por parte del club vasco. Posteriormente, en marzo de 2012, los dos clubes se vieron envueltos en una nueva polémica, tras un partido en el que los jugadores del Athletic tuvieron que soportar lanzamientos de objetos por parte de los aficionados navarros, e incluso uno de los jugadores, Andoni Iraola, resultó alcanzado por uno de los objetos, real madrid camiseta provocándole un pequeño corte en el pómulo.