El Villarreal logró pasar la eliminatoria contra el Red Bull Salzburg con un (5-2) en el global de la eliminatoria y en los octavos de la Europa League le tocó enfrentarse al Sevilla F. C.. El Sevilla F. C. acabó pasando la eliminatoria. Por esta razón, camiseta del madrid la UEFA prohibió al equipo blanco llevar la publicidad de Parmalat en competición europea. En la Copa del Rey el Villarreal fue eliminado por el F. C. Barcelona en semifinales, camisetas del real madrid mientras que en la liga el club mantuvo el sexto puesto que da al equipo el pasaporte para jugar la UEFA Europa League.