Durante estos años el filial rojiblanco tiene numerosos problemas para conservar la permanencia, pero su labor formativa es plena al proporcionar jugadores a la primera plantilla como: Abel Resino, Mejías, Tomás Reñones, Sergio Morgado, Marina, Clemente, camiseta del real madrid Mínguez o Pedraza. Tras el descenso obtiene unos resultados discretos en Segunda B, pero en la campaña 88/89 realiza un gran torneo y se proclama Campeón, ascendiendo directamente a Segunda División A. Su regreso a la categoría de plata la sesión 90/91 y entrenados por Josu Ortuondo es efímero, y tras unos números negativos acaba como colista, descendiendo a Segunda División B. En su plantilla se encuentran jugadores de la talla de López o Toni, que darán el salto al primer equipo.