En la temporada 1943-44, ascendió a Tercera División, y en 1946 logró su primer título nacional: la Copa Federación, venciendo en la final por 3-2 al S.D. El mismo jugador recibió el Trofeo Patricio Arabolaza – Furia Española en la temporada 1957-58, entregado al futbolista español que cada temporada se hubiese destacado por su garra, fuerza y entrega. Después de la desintegración de RFS Yugoslavia, el Partizán ganó dos títulos consecutivos en 1993 y 1994. Posteriormente logró tres campeonatos en 1996, 1997 y 1999. Partizán también ganó las copas nacionales en 1992, 1994 y 1998. El hombre clave de estos trofeos fue Ljubiša Tumbaković, que se convirtió en el técnico más exitoso en la historia del Partizán.