Debido al estado del país después de la guerra y a la economía de muchos clubes, se planteó una temporada de transición en la Segunda División con un sistema de 5 grupos de 8 equipos cada uno agrupados por criterios de proximidad geográfica. Nuevamente en la temporada 1943-44 el equipo donostiarra perdió la categoría. Los equipos a participar en dicha categoría se eligieron de acuerdo a criterios políticos para dar representatividad a todas las ciudades importantes y regiones que no tuvieran ya equipos en Primera División.